Một trong những vấn đề nhức nhối của các bãi biển du lịch chính là ô nhiễm. Nếu không có những biện pháp khắc phục, tương lai gần toàn bộ bãi biển Bali sẽ biến mất hoàn toàn.
Vào khoảng tháng Ba, ở vùng biển Manggis trên đảo Bali, nhiều thợ lặn đã phát hiện ra vùng nước đã bị đổi màu, xung quanh là chai nhựa, bao ni lông khắp nơi. Điều đáng kinh ngạc nhất phải kể đến là có những cái tã bẩn của em bé bị quấn vào dãy san hô. Và còn nhiều thứ kinh khủng hơn nữa khiến cho tất cả những ai có ý định bơi lặn ở đây đều bỏ đi nhanh chóng.
Vấn đề ô nhiễm biển trong thời gian gần đây có xu hướng gia tăng rất nhanh, đặc biệt là ở những thành phố du lịch tiếp giáp biển nhiều như Thái Lan, Malaysia, Campuchia, Việt Nam…đang ở trong tình trạng báo động.
Mặc dù đây không phải là vấn đề mới, nhưng vùng biển tuyệt đẹp của Bali đã bị ô nhiễm rất nhiều bởi nền du lịch. Những hình ảnh xinh đẹp trên mạng, trên ảnh chỉ là bề mặt nổi của một số nơi tượng trưng. Thực tế cho thấy những nơi du lịch biển càng phát triển thì nơi đó càng ô nhiễm.